由于都是医用口罩所以他们的执行标准比一般的一次性民用口罩更为安全、防护性更好，能适应更多的防护环境的需求。同时医用口罩基本都是三层结构，这就比一般的纱布口罩安全性更多高。
三层口罩中的第二层一般都采用高效过滤的熔喷布，主在起着对细小颗粒的过滤作用，但一般来说医用外科口罩会比医用口罩更多厚一点，所以它在细菌、病菌的抵抗力方面也会显得更多强一点。
1：执行标准不同，医用外科口罩的医药标准为：YY0469—2011 ,一次性使用医用口罩的医药标准为YY/0969-2013，主要检测口罩带、环氧乙烷残留、细菌过滤、微生物等5项重要指标。
2：颗粒阻挡，医用口罩和医用外科口罩都能阻挡直径大于4微米的细小颗粒，然而对于0.3微米的颗粒物，医用外科口罩的通过率为18.3%，而普通一次性医用口罩为85.6%，所以在对细小颗粒的阻挡方面医用外科口罩比医用口罩效果更好。
3；使用环境，医用口罩适合普通公众场合使用，医用外科口罩适用于特定环境如手术室和前往中高危地区或者接触中高危人群。
4：使用人群，医用口罩针对的是普通大众，医用外科口罩主要针对的是公共场所工作人员、服务人员在岗期间佩戴、疑似病例患者、医务人员。
